工资收入两千五的员工同样享有请假的合法权益。如果公司拒绝员工请假并以自离处理，这可能涉及违法行为。《工资支付条例》规定，公司不得随意扣除员工工资，应按照法律规定处理。如遇到不合理情况，建议及时寻求法律途径保护自身权益，避免工资被不当扣除。
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公司不允许员工请假并强制停薪休假是不合法的。劳动者可以首先与公司进行协商，要求支付应得的工资。如果协商无果，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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关于请假工资的问题需视具体情况而定。一般情况下，正常请假不会计算工资，但不应影响其他出勤工资。若因法定事由请假，单位应依法支付工资。如发生争议，可以通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。具体操作应结合实际情况进行。