工伤认定超过三年时效后如何处理？需视具体情况而定。虽然《工伤保险条例》规定了申请工伤认定的期限，但并不意味着失去所有救济途径。单位或劳动者应及时咨询专业律师，以法律手段争取权益。
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针对工伤认定时效过期的问题，可以通过行政复议或司法途径来寻求解决。具体选择哪种方式取决于个案的具体情况和证据的充分性。请务必咨询专业律师，全面评估各种可能的解决方案和效果。
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对于工伤认定超过三年时效的情况，可以采取以下措施：一、与雇主积极沟通，争取达成赔偿协议；二、向劳动仲裁机构提交书面申请和相关证据，申请仲裁；三、如仲裁结果不满意，可依法向人民法院提起诉讼。请注意，处理时需关注时效性和证据的收集。